溫泉在自然流放的過程中會有微生物包括原生動物、藻類、真菌以及細菌的存在，溫泉池也可能因為人類活動而導致致病性微生物的污染。世界衛生組織(WHO)所建議的浴池微生物監測項目包括糞便性大腸桿菌群、大腸桿菌以及綠膿桿菌。若糞便性大腸桿菌群與大腸桿菌的含量低於1 CFU/100ml，代表水質良好。

由於國內大部分溫泉業者都采連續換水以及提升浴池清洗頻率的方式，來維護溫泉用水清潔。但此一運作方式，一旦遇到遊客人數過多，或是浴池之突發性糞便污染，消費者乃立即暴露在致病性微生物之高感染風險中。下表摘錄臺灣中正大學2005年臺灣溫冷礦泉研究報告的實驗結果，顯示出沒有消毒的溫泉池實際營運時細菌存在的情況：  

溫泉的致病性微生物來源除了糞便之外，也有可能來自於人體的唾液、傷口和黏膜組織。例如感冒、生病或受傷的泡湯客，他的傷口或黏膜組織就有可能釋出病原直接污染溫泉池水，若有人直接接觸這些存在致病性微生物的溫泉就有可能造成感染。另外有部分的細菌或原生動物能在溫泉水體中滋生，也會由接觸者的呼吸道或真皮組織進入人體，引起疾病。例如溫泉溫暖、潮濕、富營養源的環境就很適合軍團菌、綠膿桿菌以及阿米巴原蟲的滋生。這類微生物常常侵犯原來即有其他疾病或免疫系統較差的人。

此外，根據臺灣高雄師範大學環境教育研究所的研究報告－臺灣地區消費者對退伍軍人菌（軍團菌）覺知與溫泉消費行為之研究的結論摘錄指出：

●大多數的消費者認為泡溫泉對健康是有益的。

●女性消費者認為泡溫泉具有減肥的功能。

●大多數的消費者不能接受含有細菌的溫泉。

●消費者一但發現溫泉內含有細菌時將不再前往消費。

●消費者最不能接受溫泉加氯消毒。

●研究的樣本中有21％的溫泉含有退伍軍人菌。

 參照以日本而言，2002 年日本爆發大規模的軍團症感染，共有166 個病歷全是因為泡溫泉所引起，經過追蹤發現，感染源是一般消費者認為具有養生療效的溫泉水。於是日本政府開始展開大規模的調查，確定了一成七以上的溫泉中有軍團菌的存在，日本政府也因此根據世界衛生組織(WHO)的建議，明文在溫泉水質標準中加入軍團菌的檢驗項目，也因此將溫泉浴池場所列為日本國內防制軍團症的重點對象。

通常對溫泉業者而言，在溫泉水源充沛的條件下，會誤以為大量補進新鮮的溫泉水或換水清洗就能避免細菌滋生，卻沒有考慮到原湯、原水、泡湯客與空氣落塵所帶來的細菌污染和增生。而缺乏溫泉水源的業者，則往往會因為泉水不足，採取迴圈過濾加熱的方式，卻沒有考慮到加溫會引起管道中形成生物膜，造成細菌增生。一般而言如果發現有細菌存在的溫泉，就必須加氯消毒（請參閱拙著－日本溫泉的殺菌方式），以保障消費者的安全，但是由於國人對溫泉的消費習性與硬體建構深受日本泡湯養生文化的影響，嚮往天然溫泉觀念根深蒂固，深怕消毒殺菌劑的使用，會破壞溫泉的獨特性質，使得溫泉水質的公共衛生維持不易。

自從日本溫泉爆發退伍軍人症之後，整體泡湯養生文化傳統受到空前的衝擊；為此，日本環境省局與日本中央溫泉研究所積極投入對溫泉水質的消毒殺菌研究，在世界衛生組織(WHO)消毒殺菌劑的分類架構下，積極推廣不損壞溫泉特質的殺菌方法，其中更是著重在非氧化型，不會損壞溫泉特性的第五類消毒殺菌劑；也由於日本對溫泉的消費習性仍保有傳統的泡湯養生文化，對氯製劑等氧化性消毒殺菌劑具有莫大的恐懼和排斥，因此也間接掀起了日本對非氧化型消毒殺菌劑--陽離子殺菌劑的研究再度興起。經過我們在臺灣現場實地長達二十六個月的驗正，屬於新型陽離子殺菌劑的SPAdo，已經成功的解決了傳統陽離子殺菌劑為人所垢病的起泡、抗藥、變色、長藻和細菌膜增生問題，新型陽離子殺菌劑SPAdo已完全可以解決大腸菌、軍團菌、綠膿桿菌、生物膜和起泡與長藻等問題，對溫泉中豐富的礦物質也不存在著色的困擾；用新型陽離子殺菌劑SPAdo直接投入溫泉中，是日本目前最熱門的溫泉水質殺菌藥劑。